タンパク質情報

日本蛋白質構造データバンク (PDBj: Protein Data Bank Japan) は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB)、生物学的磁気共鳴 データバンク (BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所 (PDBe) と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データ ベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。 特設ページでは新型コロナウイルスに関する構造情報を、日本語だけでなく中国語と韓国語でも提供しています。

アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから 構成されています。 特設ページではCOVID-19に関連するアミノ酸配列データをUniProt本体とは別のサイクルで公開しています。

国立研究開発法人科学技術振興機構　バイオサイエンスデータベースセンターが提供する蛋白質関連データベース統合検索システムです。 キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶと その蛋白質 (ファミリー)のデータとリンクが表示され、目的のデータベースのエントリーにたどり着くことができます。 上記のリンク先は「 SARS-CoV-2 」の検索結果です。

jPOSTは国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データベースです。リンク先のページでは、COVID-19に関するプロテオームの再解析情報を公開しています。

欧州European Bioinformatics Instituteが公開する、プロテオームデータの公的レポジトリです。リンク先ではSARS-CoV-2とCOVID-19でフィルタリングした、質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データのリストを公開しています。